A partir de 493, le royaume Ostrogoth réalise à nouveau l’unité politique de l’Italie, mais celui-ci ne survécut pas suffisamment pour voir émerger un processus de formation de la « conscience nationale italienne » contrairement à ce qui se passa dans d’autres régions d’Europe.
De 535 à 553, le territoire italien devient la scène de la Guerre des Goths, où l’empereur d’Orient Justinien s’attaqua au royaume pour reconquérir l’Italie.
En 553, il bât définitivement les Ostrogoths et il annexe le royaume à l’Empire romain d’Orient. Le conflit, qui a duré près de deux décennies, a ravagé le pays, conduisant à une grave crise démographique, économique, politique et sociale.
Les années de domination de l’Empire romain d’Orient furent difficiles et une terrible épidémie dépeupla le territoire entre 559 et 562.
La résistance fut faible face à une nouvelle invasion germanique en 568, celle des Lombards dirigés par Alboino. Ils furent même souvent soutenus par un peuple exaspéré par le système fiscal byzantin. Les Lombards formèrent un Royaume, ils occupèrent la majeure partie de l’Italie du nord, appelée Lombardie Majeure, et une grande partie du sud de l’Italie.
Le territoire est divisé en deux grandes zones d’influence: l’une byzantine et l’autre lombarde qui reste largement dominante. Cette situation perdura jusqu’à la moitié du VIIIe siècle quand les Francs de Charlemagne bâtent les Lombards en 774. Avec le soutien du pape, ils réduisirent de manière importante les domaines germaniques en Italie. Plus tard, dans le sud, ces sont les Normands qui les chassèrent.
Dès lors, la péninsule perd définitivement son unité politique, pour de nombreux siècles, jusqu’à l’unification de 1861, bien que, entre temps, il y eut plusieurs tentatives d’établir un royaume indépendant.
Byzance s’est maintenue sur quelques territoires dans le sud de la péninsule jusqu’au XIe siècle. Au cour de ce siècle, Les Normands envahirent la région et réussirent à créer un royaume moderne, efficace et fortement centralisé grâce à un étroit contrôle du territoire – qui passa par la suite aux dynasties angevine et aragonaises au XIIIe.
En Sicile, les arabes supplantent les byzantins après leur débarquement de 827. Les Normands conquirent l’île entre 1060 et 1091.
Au XIe siècle, l’Italie est déjà partagée en une myriade de petits états souvent en lutte entre eux ou victimes des vues expansionnistes des puissances étrangères.
La culture latine a dans une certaine mesure été préservée par l’Église, aussi bien par le monachisme, que par la création d’un pouvoir temporel dans le centre de l’Italie, avec Rome et les États de l’Église. Ceux-ci avaient la capacité de s’opposer aux invasions et de négocier avec les puissances européennes, comme celle des Francs, des Byzantins et du Saint-Empire romain germanique.