Sous les persécutions de chrétiens par l'empereur Dioclétien au début du IVe siècle de notre ère, des chrétiens ont fuit Rimini et se sont réfugiés sur le Mont Titano, menés par le pieux maçon Marinus.
Ils formèrent une communauté et à la fin des persécutions en 313, Marinus fut ordonné diacre par l’évêque de Rimini. Une patricienne romaine et convertie au christianisme qui possédait le Mont Titano, en fit don à la communauté.
La naissance de Saint Marin est traditionnellement fixée au 3 septembre 301.
Avant de mourir en 366, la légende attribue à Marinus les mots suivants :
« Relinquo vos liberos ab utroque homine »
(« Je vous laisse libres des autres hommes »)
Cette phrase est la base de l'identité Saint-Marinaise.
Au moyen-âge, Saint-Marin était devenue une cité-république à part entière, dotée de son propre code juridique. Au début du XIIIe siècle, elle a racheté des châteaux pour étendre son territoire.
Dès la deuxième moitié du XIIIe siècle, elle lutta contre la république de Rimini, d’obédience guelfe et dominée par la famille Malatesta, qui tenta de s'emparer de Saint-Marin.
La ville résista en s'alliant avec les comtes gibelins d'Urbino.
Cependant, des ecclésiastiques tentèrent peu après d'annexer Saint-Marin : un certain Teodorico voulu la soumettre au Pape. Mais Saint-Marin a obtenu juridiquement gain de cause après une longue dispute résolue par un célèbre homme de droit de Rimini, Palamede.
César Borgia, le célèbre duc de Valentinois et fils du pape Alexandre VI, a certes envahi Saint-Marin en 1503, mais son armée fut anéantie lors d’une révolte du duché d’Urbino.
En 1739, le cardinal Giulio Alberoni, légat du pape en Romagne, envahi pour son propre compte la ville, mais le Pape Clément XII lui ordonna de la libérer.
Pendant toute la période dite du Risorgimento, au cours de laquelle les mouvements révolutionnaires se multiplièrent en Italie, Saint-Marin fut une terre d’asile à de nombreux exilés, dont Giuseppe Garibaldi qui y trouva refuge, et dont il a même obtenu la citoyenneté
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